Ubicato sul versante orientale dell'isola, e per l'esattezza nella Cala dello Spalmatoio, il porto di Giannutri è dotato di una piccola banchina dove attraccano le navi traghetto provenienti da Porto Santo Stefano, e che impiegano 50 minuti per effettuare la tratta. Giannutri dista dalla terraferma 12 miglia nautiche (pari a 22 km). L'isola - ça va sans dire - è raggiungibile anche con l'ausilio di natanti da diporto (che sovente attraccano a Cala Maestra, situata sulla costa occidentale di Giannutri).
Per ulteriori informazioni su tariffe e orari, consultate il sito toremar.it e maregiglio.it
Considerate le sue ridotte dimensioni, l'isola può essere tranquillamente esplorata a piedi. L'abitato (costituito in prevalenza da case vacanza e da pochi esercizi commerciali aperti durante la bella stagione) si sviluppa attorno all'area portuale e alla piccola piazzetta, l'unica presente a Giannutri; altri fabbricati sono distributi sul resto del territorio isolano, caratterizzato dalla presenza di una fitta rete di sentieri, che farà felici gli amanti delle lunghe passeggiate.
Abitata durante l'Età del Bronzo, Giannutri conobbe un periodo di grande fortuna durante l'epoca romana, periodo a cui risale l'edificazione di una villa che apparteneva ai Domizi Enobarbi, una influente famiglia senatoria di abili commercianti. I resti della domus sono ubicati nei pressi di Punta Scaletta, nella parte nordoccidentale dell'isola.
Giannutri è dotata anche di un faro marittimo, situato a sud dell'isola.